Le stockage des produits phytosanitaires est soumis à la réglementation des installations classées. La réglementation prévoit plusieurs niveaux de déclaration et de procédures de sécurité en fonction des tonnages stockés dans chaque catégorie de danger.

La déclaration n’est pas exigée dans les cas suivants :

• si la quantité est inférieure à 15 tonnes y compris pour les produits classés toxiques.
• si la quantité des produits classés toxiques ( T sur l'étiquette) n’excède pas 1 tonne kg pour les liquides et 5 tonnes pour les solides.
• si la quantité des produits classés très toxiques ( T+ sur l'étiquette) n’excède pas 50 kg pour les liquides et 200 kg pour les solides.

Au-delà de ces seuils, une déclaration aux services préfectoraux est obligatoire pour obtenir une autorisation de stockage. Vu les quantités seuils, cette obligation s'adresse plutôt aux distributeurs.

Dans tous les cas, le Code du Travail et de la Santé Publique impose de suivre les recommandations suivantes pour le stockage des préparations phytopharmaceutiques :

• Le local spécifique au stockage des produits doit être fermé à clé.
• Les spécialités classées T+, T et Xn avec phrases de risque mentionnant des possibilités d'effets cancérigènes (C - R40, R49, R45), mutagènes (M - R40, R46, R68) et tératogènes (T - R60, R61, R62, R63) doivent être stockées séparément des autres.
• Les Equipements de Protection Individuelle (EPI) doivent être placés dans une partie isolée des produits par une cloison étanche et continue ou dans un autre local.
• Les contraintes d'éclairage et de ventilation doivent être respectées.
• Le matériel de préparation doit être bien identifié avec des étiquettes lisibles.
• Des fiches de données de sécurité (FDS) doivent accompagner les produits présents dans le local. Elles sont disponibles auprès du distributeur ou du fabricant.
• L’installation électrique doit être conforme à la norme NFC-15-100.
• Il est interdit de fumer dans le local.
• Prévoir des moyens de premiers secours adaptés : extincteurs avec panneau de signalisation en cas d'incendie et une réserve de matière absorbante à proximité (copeaux, bentonite,...) en cas de renversement, rince-oeil.
• Un sol étanche et en rétention est nécessaire. Le local doit être hors gel. 
• Afficher les numéros d’urgences et le numéro du Centre Antipoison le plus proche, ainsi que les consignes de sécurité.
• Présence d'un point d'eau à proximité 

Pour assurer au mieux la sécurité, il est également recommandé d’optimiser la gestion des stocks de produits :

• Stocker le minimum de produits et tenir un inventaire précis du stock.
•  Respecter le principe du "premier entré/premier sorti".
• Conserver les produits dans leur emballage d'origine.
• Maintenir les emballages hydrosolubles éloignés de toute source d'humidité.
• Entreposer les poudres et granulés au-dessus des liquides. 
• Séparer les produits inflammables et explosifs des autres produits.